
Paulo César iniciou sua carreira profissional no Nacional-SP. Sua carreira começou a crescer em 1996, quando foi transferido para o Flamengo. Após uma temporada curta pelo fato de ser utilizado pela sub 20 da seleção brasileira, preparação do sul-americano e mundial de 1997, ainda conquistou após o mundial sub 20 na Malásia o jogador foi transferido em 1997 para o Fluminense, clube que mais tarde o revelaria para o Brasil e para o mundo. Em 1999 foi fundamental na conquista do título da Série C do Campeonato Brasileiro com o Fluminense, sob o comando do técnico Carlos Alberto Parreira. Em 2000 e 2001 fez seu nome definitivamente no esporte, sendo peça fundamental em uma grande campanha do Fluminense no Campeonato Brasileiro de Futebol de 2000 e 2001, quando seu time chegou às semi-finais dois anos após disputar a Série C do futebol brasileiro. Em 2002 sua convocação para a Copa do Mundo daquele ano chegou a ser cogitada pelo técnico Luiz Felipe Scolari, mas Paulo César, que no momento jogava na posição de lateral-esquerdo, perdeu a vaga para Roberto Carlos. No mesmo ano, foi transferido para o Paris Saint-Germain, da França, clube que defendeu até 2007, tendo tido, ainda, uma passagem pelo Santos campeão brasileiro em 2004 e 2005, por empréstimo do time francês. Sua passagem pelo PSG também foi de muita qualidade.