
Conflitos religioso entre os franciscanos e clero secular. O conflito religioso que ocorreu naquele clima generalizado de guerra foi mais sério para Medjugorje. Em 1985, René Laurentin previu a condenação formal das aparições por parte do Bispo, e também por parte de Joseph Ratzinger, que transferiu a competência para a Conferência Episcopal. O insigne mariólogo, perguntava-se por que razão a peregrinação, submetida a uma repressão eclesiástica muito mais pesada do que a repressão comunista, ainda poderia ser mantida viva. Dom Žanić, bispo de Mostar, disse que as peregrinações eram proibidas e que o episcopado de todo o mundo deu um grande eco a esta decisão naqueles anos. Mas Dom Franić, arcebispo de Split, havia especificado que, se as peregrinações oficiais ao local de uma aparição não reconhecida não fossem autorizadas, as peregrinações privadas ainda estavam abertas à liberdade cristã, pois esta não era uma palavra vã. Foi a interpretação do bispo local que deu má fama à peregrinação e contribuiu para acabar com ela em numerosas dioceses onde a ação dos bispos locais estava em conformidade, como é normal, com a posição do bispo do lugar da aparição. O bispo Žanić, um homem de bom coração, mas impulsivo e combativo, multiplicou as ações marcantes contra Medjugorje. Em outubro de 1984, publicou a sua posição contra as aparições e as peregrinações. Seus escritos foram divulgados na Iugoslávia e enviados a todas as conferências episcopais, inclusive em Roma. Isso teve um efeito perceptível. O livro de René Laurentin, La Vierge apparaît-elle à Medjugorje?, que tinha si difundido em 85.000 exemplares de fevereiro a novembro de 1984, perdeu visibilidade até à década de 1990. Mas apesar de todas essas tentativas aparentemente oficiais de dissuasão, a peregrinação continuou e cresceu, devido ao fato de que os testemunhos daqueles que foram convertidos em Medjugorje se espalharam pelos cinco continentes. Os padres da paróquia de Medjugorje encontravam-se em uma situação muito difícil, tendo que enfrentar uma dupla oposição, a do governo e sobretudo a do bispo. Tiveram de responder às necessidades litúrgicas e sacramentais de uma peregrinação de dimensão equivalente à de Fátima, e tudo isto apenas com os recursos de uma pequena paróquia, sem meios e autorização para poder construir os edifícios necessários. Além disso, eles tinham que se submeter às proibições que os colocavam em dificuldade. A título de exemplo, eram proibidas as aparições que se realizavam discretamente numa pequena sala há muito abandonada, junto à sacristia, e nesse ponto as aparições aconteciam discretamente na casa paroquial; eles também foram banidos lá e assim por diante várias vezes. O Padre Orech, homem de ação e inteligente, que se encarregou de construir um mínimo de edifícios necessários para o acolhimento espiritual e para atender às necessidades das peregrinações, foi demitido de seu cargo e suspenso.